1886年在汉口成立的乐善堂分号，对外以药房和出版业务为掩护，其实是日本在华的间谍中枢机构，创办人荒尾精乃日本初期间谍活动的重要头目。

乐善堂以经营眼药水、书籍、杂货作为掩护，逐步将触角伸向中国各地，相继在北京、长沙、重庆、天津、福州等地建立众多分支机构，组成一个遍布中国主要城市的间谍网，并以这些城市为基地，把触角伸展到中国的广大地区。边经商边进行间谍活动，实行以商养谍。

乐善堂内部组织相当严密，间谍人员分为两类：“内员”负责资料收集汇总和经营管理等，“外员”则多为一线间谍，在外以售卖眼药水和书籍、杂货为掩护，调查项目细分为土地、人口、运输、兵制等。这些间谍以汉口为据点，相继在北京、长沙、重庆、天津等地设立分支机构，并以这些城市为基地，渗透辐射到全国。

乐善堂的特务们以骡子毛驴为交通工具，穿着中国人的服装，把假辫子压在瓜皮帽里，化妆中国人，深入中国内地调查关塞要冲、风土气候、人情乡俗、农工商物资、交通运输等军事、政治、经济情况。携带大量钱财和绘图工具，用小恩小惠套取各种情报。

乐善堂将６类中国人定为侦察和“统战”重点：君子、豪杰、豪族、长者、侠客、富者。

　　在“君子”一项中，分为六等：

　　第一等：有志于救全地球者；

　　第二等：有志于振兴东亚者；

　　第三等：有志于改良国政以救本国（指中国）者；

　　第四等：有志于鼓励子弟而欲明道与后世者；

　　第五等：有志于立朝治国者；

　　第六等：洁身以待时机者。

“豪杰”则分为八种：

　　一、企图颠覆政府者；

　　二、企图起兵割据一方者；

　　三、对于欧美在国内的跋扈，深抱不满，而欲逐之国外者；

　　四、企图仿效西洋利器者；

　　五、有志于振兴工业者；

　　六、有志于振兴军备者；

　　七、商业巨子；

　　八、提倡振兴农业者。

他们还指出，凡有下列缺点者，不能列入“豪杰”：品行不足为人仪表；智不足以分嫌疑；信不足以使人守约；廉不足以分财；见危而图苟免；见利而图苟得者。

“豪族”则指名家或富室之后，日本人认为这类人在一乡一镇之间，都有相当名望，如得一人，犹如获得一乡一镇之人。他们在给间谍的指示中，要求“细查豪族的系统，同时访求他日足为我之妨害的朝野人物，以及除去彼等的方法”。

“长者”则指家富而好济贫，在乡间排解纷争的人物。此类人，乡望素孚，如得一人，同样如获得一乡一镇之人。

“侠客”指奋不顾身、打抱不平，救人于危者，此类人平日颇得血气方刚的青年子弟崇拜，“有事之际，如得其振臂一呼，得益不少”。

乐善堂的日本间谍们，就根据上述标准，“发现人才”后一面制作档案，一面设法与其接近结交。他们由此与中国下层的秘密社团建立广泛的联络，哥老会、九龙会、白莲教，都成为他们工作的对象。在日后的侵略中，日本人能将“驱除靼虏、恢复中华”作为旗号，甚至能在辛亥革命中赢得革命党的信赖，都与其早年的调查研究工作难以分割。

1889年４月，乐善堂头目荒尾精将３年来获得的大量资料，分门别类进行整理，提炼成数万字的《复命书》，提交给日本陆军参谋本部。

在该报告基础上，后来接管乐善堂的根津一，将所有情报进行更详尽的整理编纂，成一套名为《清国通商总览》的巨著。全书二编三册，２０００多页，涉及中国政治、金融、商贸、产业、教育、交通运输、地理、气候、风俗习惯等各方面，俨然一部中国大百科全书，出版后受到日本各界热捧，成为其侵华的指南。