1. 诉讼主体范围过窄
《民法典》第1073条仅赋予父、母及成年子女提起亲子关系异议之诉的权利。在生父死亡等情形下，实际承担抚养的祖父母虽持有初步证据，却因主体不适格而败诉，立法时未充分预见此类极端情形。

2. “必要证据”与“正当理由”标准模糊
司法解释要求原告完成初步举证，但“必要证据”的证明标准不明，导致同类案件裁判不一。拒绝鉴定的“正当理由”同样缺乏界定，存在拒绝权被滥用的风险。

3. 子女最佳利益保护不足
现行规则侧重父母间的举证博弈，对子女（尤其是未成年人）的独立利益关注不够。8周岁以上未成年人的意见在司法审查中缺乏明确的听审程序保障。在已达一定年龄的子女明确拒绝鉴定，或血缘真相不利于其现有稳定亲子关系时，法院缺乏充分的裁量依据来优先保护子女利益。

4. 单方委托鉴定的效力不明
当事人自行委托的亲子鉴定报告，其证据效力在司法实践中存在争议。对方不认可时，能否作为“必要证据”适用推定规则，各地法院做法不一。

5. 与新兴技术衔接不足
《民法典》确立的规则仍难以妥善解决代孕等辅助生殖技术带来的亲子关系认定问题，生物学父母与法律父母分离的情形缺乏明确规范。