从西域到新疆，伊犁将军辖区到新疆行省。大清乾隆二十四年八月，乾隆皇帝郑重地向全国臣民宣布：天山南北数百万平方公里的领土从此正式纳入中国的版图。为了收复新疆，康熙、雍正、乾隆三代帝王，前前后后花了71年的时间，至乾隆二十四年（1759）清朝最终平定了准噶尔政权和大小和卓叛乱，统一天山南北，结束新疆数百年地方割据和战乱频仍的局面，重新将新疆置于中央政府的直接治理之下。
1762年清政府设伊犁将军，明瑞就任第一任将军，作为清政府在新疆的最高军政长官。1763年，在伊犁河北岸兴建了惠远城，作为伊犁将军