菩提祖师就是如来吗?是，但不仅是，菩提祖师还是太上老君。而且，还是“孙悟空”。
第一回“灵根育孕源流出，心性修持大道生”，写花果山石猴漂洋过海，来到西牛贺洲“灵台方寸山”，跟随菩提祖师“学道”。“灵台方寸山”首尾两个字就是“灵山”，正是如来佛祖之所在，孙悟空取经与成佛之地。
见到菩提祖师时，书中有诗揭示菩提祖师的真实身份：“大觉金仙没垢姿，西方妙相祖菩提。不生不灭三三行，全气全神万万慈。空寂自然随变化，真如本性任为之。与天同寿庄严体，历劫明心大法师。”
大觉金仙出自《宋史·徽宗本纪》。宣和元年，宋徽宗下革佛诏：“佛改大觉金仙，余为仙人大士。”宋徽宗革佛，是把佛教并入道教，《封神演义》就是以这段历史写了大觉金仙、观音大士等等。
菩提祖师即大觉金仙，也就是“佛”。佛因宋徽宗革佛而“没垢姿”，同时，也说的是此“大觉金仙”乃是凡尘中人，要隐写大明皇帝。
如来佛祖即“西方妙相祖菩提”，成佛于菩提树下，故以“菩提祖师”隐写。除如来佛祖外，还有谁敢称“菩提祖师”？“真如本性任·为之”，其中的“如”就是指的如来佛祖。
不生不灭三三行，所谓“三三”，当出自老子五千言：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”所以，菩提祖师也是“全气全神万万慈”的太上老君。
《周礼·冬官·考工记》：“玉人之事，天子用全。”注曰：“完，纯用玉也。”全，是“纯玉”的意思，四大名著中的“玉”指的是朱元璋，“璋”即白玉祭祀瑞器。“氣”中有“米”，《说文解字》：“（米）八八米之形”，也就借喻为“重八”。而“云气”既隐写大明先祖吴回，又隐写大明太祖驾崩。
神，申示，申即石猴之猴，示为祭祀，“神”隐写大明灭亡。神又喻神宗，也就是万历。“万万”之一“萬”是草猴，草下之“禺”就是猴，观音菩萨骂孙悟空“村愚的赤尻”，愚是“心猿”。心为大火，猿指甲申猴年，“心猿”隐写了庄烈，也就是崇祯。
慈，“从心，兹声。”兹为草木，大明朱氏出自曹姓邾国，以“草”谐音，“萬”因而是草猴。朱由检是大明“水木火土金”中的木字辈，“慈”乃以火烧草木，写的也是庄烈。同时，又隐伏了“榔槺”，指的是康熙元年朱由榔被吴三桂以柴薪之火化灰。
朱由检、朱由榔都是“草木”，《石头记》说的是“草胎木质”。兹，“草木多益”；益，兄也，朱由检、朱由榔便是一对兄弟。
其实，菩提祖师还不止这些隐喻，这篇短文讲这几条足够揭秘“菩提祖师”的真实身份：隐写大明历代皇帝，是“与天同寿庄严体，历劫明心大法师。”
与天同寿庄严体，其中隐藏了“天寿山”，正是大明十三陵所在。“庄严体”隐写的是“庄烈帝”朱由检，南明称之为“烈庙”。从“大觉金仙”到“明心大法师”，菩提祖师也是一部大明兴亡历史。
心为大火，大明国号出自火正祝融，“融，大明也。”大明亡于“烈庙”，永历被火焚化，都是“历劫明心”之大法师。
孙悟空的“孙”即猢狲，本来就是一只石猴。石，指的是石头城，猴指的是戊申猴年，也就是洪武元年。
悟，其中有“心”。“吾”，五口，指的是大明“水木火土金”五行字辈。空，即空亡。“空寂自然随变化”，菩提祖师即孙悟空。