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毛泽东、彭德怀主导的中央军委审时度势，果断决策：撤编、精简、消肿。

1957年1月7日至27日，中央军委召开扩大会议，由彭德怀主持，军队各大单位的主要负责人均参加。黄克诚代表军委作《关于裁减和整编军队问题的报告》，具体负责此项工作的张爱萍副总参谋长作了补充发言。“质量建军”，成为全体与会者的共识。这次会议确定：总部、军兵种、军事院校、陆军部队是精简重点。会议讨论并通过了中央军委《关于裁减军队数量加强质量的决定》，提出拟在三年内把军队总员额从383万人裁减至250万人的水平，减少130多万人。这是新中国成立后第一次涉及多个领域的大范围精简，从总部、各军兵种到各大军区部队，把陆、海、空、防空、公安五大军种改为陆、海、空三个军种。之后，总部机关开始做较大精简。总部精简的一个大趋势就是“回归”。

1957年5月15日，总财务部被撤销，财务部改回总后财务部。兼任总后勤部部长近5年的黄克诚不再兼任总后勤部部长和政委，洪学智接任部长，余秋里任政委。

1957年7月1日，总军械部被撤销，改回总参军械部，王树声仍任部长（1959年3月1日，该部又改隶总后勤部建制）。1959年9月，王树声被免去总后军械部部长职务，11月调至新成立不久的军事科学院任副院长。

经过前一轮的撤并调整，到1958年年中，军委总部机关尚有总参谋部、总政治部、总后勤部、总干部部、训练总监部、武装力量监察部六大部。

1958年7月，中央军委扩大会议认为调整后的军队组织体制，仍然存在机关庞大、组织重叠、分工机械的现象。会议通过《关于改变组织体制的决议（草案）》，确定中央军委下设总参谋部、总政治部、总后勤部三大部，将训练总监部划归总参，将总干部部、军事法院、军事检察院划归总政，将总参军械部改属总后，撤销武装力量监察部。

1958年10月1日，总干部部被撤销，在总政治部建制内成立干部部。萧华作为总政治部第一副主任，协助谭政。

1958年11月1日，武装力量监察部被撤销，其所监察的工作内容分别由总参、总政、总后负责。叶剑英在武装力量监察部和训练总监部这两个部门工作了整整三年时间（1954年11月至1957年11月），随后，便将工作重心转至组建解放军军事科学院上。

1957年11月6日，蕭克接任训练总监部部长。在军训部，萧克应该是主要创建人。1950年春，担任四野和华中军区参谋长的萧克便奉调入京，组建军训部。萧克组建军训部，不仅是白手起家，没有办公地点，而且是光杆司令，四处选调人手。1950年9月，军训部召开成立大会，正规化军训成为军队建设的头等任务之一。

1958年上半年，训练总监部内部就“向苏军学习”问题展开争论，引起军委高层的关注，毛泽东、彭德怀都有批示。1958年5月，中央军委召开扩大会议，开展反“教条主义”斗争，萧克、李达甚至刘伯承、叶剑英、粟裕等都受到错误批判和不公正对待，萧克、李达和总参谋长粟裕都被撤职，郭天民接掌训练总监部后，也同样受到批判。1958年12月11日，被指为“教条主义司令部”的训练总监部被撤销，其职能收归总参谋部，由先前已经回到总参的张宗逊副总参谋长主管，李作鹏为总参军训部部长。

又经过一年半的精简（1957年5月至1958年12月），重新回到了总参、总政、总后三总部时期。三总部运行已久，运作机制成熟，位高权重，极具权威。不仅是三大总部，就连它们的二级部，如总参的作战部、军务部、军训部，总政的组织部、干部部、宣传部，总后的军需部、财务部、卫生部等也都颇具声威。此时，总参谋长为黄克诚，总政治部主任为谭政，总后勤部部长为洪学智。

被撤销的五总部，除了总干部部存在8年时间，其他四总部大都存在3年左右，总财务部存在时间最短，只有一年零九个月。它们的存在时间为：总干部部，1950年9月4日至1958年10月1日;总军械部，1954年11月6日至1957年7月1日;训练总监部，1955年4月21日至1958年12月11日;武装力量监察部，1955年6月22日至1958年11月1日;总财务部，1955年8月11日至1957年5月15日。