清末企图分裂回疆的背后推手中离不开浩罕汗国。清朝平定大小和卓后，历次边疆作乱都与浩罕人有着莫大关系。从道光年间的张格尔之乱，到同治年间阿古柏企图侵占新疆，背后的操纵者都可以指向浩罕。清朝强则浩罕乖张来朝，清朝弱则企图裂其疆土。1784年，清朝在中亚地区的威望如日中天。浩罕的那尔巴图在乾隆皇帝的谕令下甚至深入霍占特境内为清朝搜捕圣裔萨木萨克。作为清朝的番薯国，浩罕首领通常称伯克并受喀什噶尔衙门管制。但仅仅20多年后，浩罕人于1805年废除了伯克称号开始称汗，浩罕称汗也进一步证明清朝国力衰落了。新继位的爱里木野心勃勃，在位期间他不仅发行浩罕自己的货币，而且积极展开对外战争。从1805年到1810年间，爱里木征服了浩罕北部的阿姆河地区，侵占了哈萨克汗国的塔什干和突厥斯坦。爱里木在位期间，浩罕汗国领土足足扩大了一倍有余。宗教一直是中亚地区拥有重大影响力的存在，但宗教代表的神权一但膨胀，势必会削弱代表世俗权力的汗权。活跃于浩罕国内的伊斯兰教神棍们到处宣扬自己乃圣裔之后，从而积累了大量的信徒，严重干预到爱里木汗权的威严。为了打击宗教神权，爱里木不得不着手打压宗教势力，但他灭神的行动不仅没有成功反而受其反噬。1809年，塔什干地区爆发哈萨克人起义，爱里木率军前往镇压。信徒们趁其不在，联合对汗王不满的浩罕贵族发动政变将爱里木刺杀于军中，并拥戴其弟爱玛尔成为新任可汗。爱玛尔继位后，受限于自己的上位得益于宗教势力，他只能在经济上给予信徒让利。为了压制宗教权力，爱玛尔奉环其兄在位时没收的浩罕国内封建主财产，果然拉拢到国内世俗派支持才使其汗位稳固下来。1814年，爱尔玛再次击败哈萨克人重新夺回塔什干地区。至此浩罕汗国疆域发展到最盛，东北延伸至巴尔喀什湖与湖南边的清朝相连，成为中亚地区一强。成为中亚小强后，浩罕人不再满足于与清朝的不平等关系，那个南疆伊斯兰圣裔萨木萨克的儿子们，就成为了浩罕人勒索和敲开清朝西部边防的工具！