1958年，甘南爆发武装叛乱，叛乱军队攻破了当地政府，杀害了上百名干部和群众，甘肃省军区派了1万多人才成功平叛。

1920年，他随弟弟丹贝坚赞落户拉卜楞，那一年丹贝坚赞被认定为第五世嘉木样活佛，黄正清跟着全家定居于此。军阀马麒控制甘南期间，黄正清亲眼看着那些喇嘛寺被焚，百姓被杀。

据统计，从1918年到1925年间，甘南先后有七千多人被屠杀，三十七座寺院被付之一炬，拉卜楞还被罚白银百万两。

黄正清不是没想过找上头说理，黄氏家族前后多次向北洋政府、中央蒙藏院告状，连张作霖那边也托人递过话，结果全都没有下文。

走投无路之下，黄正清来到兰州，在那里认识了中共地下党员宣侠父。宣侠父跟黄正清谈民族平等，谈各民族共同的出路，两人一拍即合。

1925年前后，宣侠父亲自起草组织大纲，帮助黄正清等人在兰州成立了"藏民文化促进会"，宗旨明确写着要让藏民与国内各民族有平等的地位。这段经历，让黄正清开始看清楚自己想走的路。

1928年，黄正清出任拉卜楞番兵司令部游击司令，1933年番兵司令部改为拉卜楞保安司令部，黄正清升任司令。他在甘南的根基，就这样一点一点扎下来。

1937年，日本全面侵华。甘南这个地方虽然偏远，但战争的阴影还是落了进来。

1940年，抗战已进入第三个年头，国内战局异常艰难，空军力量消耗极大。黄正清和五世嘉木样商量了一件事，组织藏区民众捐钱购机支援前线。

号召一出，拉卜楞所属一百零八个寺庙的僧民纷纷响应，陆续捐出羊皮一万多张。最终，藏区募得九十万元大洋，要知道当时一架飞机的造价约三万大洋，这笔钱相当于三十架飞机的价格。

1944年，黄正清以致敬团团长的身份，带着阿莽苍、那格仓等活佛及黄祥、康万青等人，一路辗转抵达重庆。

这一行既是表态，也是亮相，让外界看清楚，甘南藏区的上层人士是和中国站在一起的。

正是因为这种在战时积累的人望，黄正清后来在1949年才能以相对顺畅的方式完成立场的转变。当年，解放军第一野战军挺进西北，中共陇右工委提前展开统战工作，争取黄正清的任务交给了钱平。

钱平绕了个弯子，先通过发展黄正清身边的人入党来打通关系，最终使黄正清下定决心。

1949年8月，黄正清宣布率部起义。解放军抵达夏河那天，黄正清、黄祥、拉卜楞寺襄佑达吉等人带着近万名各族民众，在距县城两三公里的大路两旁列队欢迎。

此后黄正清赴兰州，面见彭德怀、贺龙、习仲勋，汇报了夏河的情况，表达了参加革命工作的意愿。

1953年，甘南藏族自治州成立，黄正清当选州长。1955年，黄正清被授予少将军衔，兼任甘南军分区司令员。

到了1958年叛乱爆发，叛军在旦巴牙高等人带领下集结，最终在六月间攻入政府大楼，造成上百人死亡。

黄正清当时亲笔写信，向欧拉部落头人郭哇老者等人晓以利害、劝说招降，然而信被原封退回，谈判彻底破裂。

此后，甘肃省军区抽调一万余名士兵分路平叛，在扎尕那、那木去乎等地展开战斗，短短数月歼灭大量叛军。

但叛乱并未就此终结，一直延续到1959年，大苏奴、桑周等人率残部据守光盖山，历经十七次战斗，方才陆续走下山投降。

黄正清此后依旧留在甘南，继续参与地方事务。