蔡正元一再强调，台湾人中三分之一是台籍日本兵的后代，他们是日本人，不是台湾人，更不是中国人。

蔡正元多次在节目和公开场合提到，台湾人口中约三分之一可以看作台籍日本兵的精神后代，这些人在认同上更靠近日本人，而不是台湾人或大陆人。他强调这主要不是血缘问题，而是殖民时期教育和经历留下的思想痕迹。日本统治台湾50年，从1937年开始推行皇民化运动。学校用日语上课，课程以日本历史和文化为主，中华相关内容基本不教。学生每天早会要面对天皇画像，唱日本国歌，家庭里祖先牌位要撤，改成参拜神社，姓名也要改成日本式，日常不能说中文，违者会受罚。台湾就学率到1943年达到较高水平，但教育内容完全偏向日本那一套。

这种环境下长大的一代人，说日语、接受日本文化，认同感自然受到影响。1942年日本在台湾第一次招陆军特别志愿兵，计划征1000人左右，结果有42.6万台湾青年申请报名。当时台湾成年男性总数大约310万，报名比例很高。1943年第二期报名人数达到60多万，1944年更多。申请书在军方和总督府堆积成山，很多青年积极响应。实际征召人数有限，大部分没被选中，但这个规模反映出殖民教育的效果。台籍日本兵军人约8万多人，加上军属军夫超过20万，其中约3万人阵亡或失踪。

日本投降后，这些台籍士兵身份一下子变了。日本政府说他们不是日本公民，退伍金和抚恤金拿不到。像简茂松这样的老兵，为养老金打官司从地方法院一直到日本最高法院，最后还是被驳回，因为非日本公民。台湾光复后，他们从战败国军人变成战胜国国民，但岛内有些人看他们的眼光带着复杂，因为他们之前为日本一方作战。蔡正元指出，实际1945年后在台日本人几乎全被遣返，台日通婚比例很低，所谓大量日本后裔的说法站不住脚。他说的三分之一，更是指思想上的延续，而不是血统计算。

民进党执政后，教科书把“日据”改成“日治”，用词变化让殖民统治听起来中性一些。岛内建了纪念日本工程师的园区，比如八田与一相关设施，参观的人不少，但抗日历史的纪念场所规模就小得多。蔡英文曾公开提到台籍日本兵，说要为他们寻找历史正义。赖清德上台后，继续压制统一相关声音，推动的政策让两岸关系更紧绷。蔡正元分析，这些做法延续了殖民时期留下的认同问题，去殖民化工作没有做彻底。

前几年作家陈宣儒用笔名田中实加出书《湾生回家》，讲殖民时期在台湾出生的日本人故事，还把自己说成湾生后代，提到奶奶有日本血缘。书卖得不错，还拍了电影，迎合了岛内部分情绪。后来被查出她是高雄本地人，全家跟日本没有血缘关系。她承认身世描述有不实，还涉及图片使用问题。这件事让很多人看到，某些亲日叙事是怎么被包装出来的。

蔡正元持续在各种场合分析这些历史和现实现象，指出民进党相关政策让台湾与中华文化的联系进一步拉远。他因为司法案件已经进入服刑阶段，政治活动暂时停下来，但这些关于认同和历史的讨论，还在两岸继续。